Ο Αναστάσης Παπαφράγκος έχει πτυχίο στο τμήμα Οικονομικών Επιστημών του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών (βαθμός 9.11/Άριστα) και μεταπτυχιακό στο τμήμα Οικονομικής Επιστήμης του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών (βαθμός 8.56/Άριστα), ενώ έχει και δύο δημοσιεύσεις. Από το 2022 συμμετέχει στην ερευνητική ομάδα υπό την εποπτεία του Καθηγητή Παναγιώτη Ε Πετράκη στο Εθνικό Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών.